結論から申し上げますと、入出金の金額は損益計算上関係ありません。
例えば、以下の事例を考えます。
9月1日 A取引所に100万円入金
9月2日 A取引所で１コイン50万円で購入
9月3日 B取引所に1コイン送金
9月4日 B取引所で1コイン90万円で売却
9月5日 B取引所から10万円出金
この場合、お客様の所得は40万円となります。
この計算において必要なのは、Aでの購入履歴とBでの売却履歴のみであり、始めにお客様がAに入金された金額、Ｂから出金された金額は関係ありません。
また日本円とは関係ありませんが、念のためになりますが、上記の例でAからBに仮想通貨を送金された履歴も不要です（但し送金手数料除く）。AからBに送金された経緯がどうであれ、AとBでの取引履歴があれば損益計算は可能です。
